Comme à leur habitude, le jeu met en place un scénario qui servira à lier tous les niveaux proposés, bien qu’anecdotique il permet de poser un cadre qui n'est pas déplaisant et en plus Nintendo a eu comme idée de faire doubler l'intégralité des personnages du jeu ce qui donne à ces séquences se plaçant entre chaque moment de pur gameplay un certain charme et un cachet indéniable. Pour information, l'histoire commence alors que Wario, fouillant ce qui ressemble à des ruines, met la main sur un vase antique. Friand de tout ce qui peut lui rapporter de l'argent, il le rapporte alors chez lui. Mais alors qu'il veut prendre une pause pour se remplir l'estomac, il se rend compte que son réfrigérateur est vide et qu'il n'a plus un rond pour financer son casse-croûte. Il voit alors une pub à la télé promouvant le dernier jeu en vogue, lui vient alors l'idée d'organiser le plus grand tournoi de jeux vidéo de tous les temps en faisant payer la participation 10 000 pièces, un génie notre Wario ! C'est ainsi que le décor est planté pour justifier tout le ramdam auquel nous serons bientôt confrontés.

Le mode histoire se divise en trois ligues permettant de ranger les mini-jeux par catégories. Tout d'abord, la ligue Pousse-pousse dans laquelle seul le bouton A et la croix directionnelle (ou le stick au choix) seront utilisés, il s'agira de presser le bouton au bon moment, déplacer des éléments à l'écran et ainsi de suite. Vient ensuite la ligue Gyro-gyro qui utilisera, comme son nom le laisse planer, le gyroscope de la console, vous devrez alors tourner la console dans tous les sens et parfois même utiliser le bouton A. Enfin, la troisième ligue se nomme Touche-touche où le tactile sera de mise. Certains mini-jeux disponibles en fin de jeu utilisent même le micro de la console. Chaque ligue contient 5 niveaux, chacun mettant en scène un des personnages phares de la série comme Jimmy T. ou 5-Volt. La répartition des mini-jeux dans les niveaux se fait d'ailleurs par thème entre : quotidien, sport, fantastique et l'immanquable Nintendo avec des mini-jeux s'inspirant des séries de ce dernier. Chaque niveau vous demandera d'accomplir un certain nombre de mini-jeux avant de faire face à son boss prenant la forme d'un mini-jeu plus long que les autres et ce avec seulement quatre vies. Une fois réussis, le niveau suivant de la même ligue vous est ouvert et vous pouvez jouer en mode illimité aux niveaux que vous avez déjà terminé avec après chaque boss la possibilité d'amasser pas mal de pièces et même de récupérer une vie si le boss est réussi pour ainsi réaliser votre meilleur record.

En finissant le mode histoire vous gagnez accès à la zone Défis qui contient les habituels niveaux mélangeant tous les mini-jeux ainsi que ses variantes à une vie seulement et à la difficulté accrue. En plus de ces modes déjà connus de la série nous avons par exemple le mode "Gamer" de Game & Wario dans lequel vous devez jouer aux mini-jeux classiques de WarioWare tout en vous cachant de votre mère qui vient surveiller de temps à autres que vous soyez bien en train de dormir. Je ne vais pas tous vous les divulguer étant donné qu'ils font partie de la surprise de fin de jeu mais il y a par exemple des modes en contre la montre également et sachez qu'on y trouve aussi un mode multijoueur pour affronter un autre possesseur du jeu sur les mini-jeux.

Sachez qu'il y a beaucoup de collectables dans le jeu et les pièces que vous gagnez en jouant vous serviront justement à les gagner dans un système de Gachapon. Ces collectables se divisent en huit catégories, vous avez tout d'abord les mini-jeux qui rassemblent tous les jeux bonus dans lesquels vous devez atteindre le plus haut score comme Pyoro le petit oiseau rouge bien connu de la série ou encore le tout nouveau et absurde Miaoutroid dans lequel vous incarnez Chamus devant dézinguer le plus d'ennemis possibles avec son canon laser. Vous avez ensuite la section "Téléphone" dans laquelle vous recevrez des numéros à appeler à l'aide de téléphones déblocables eux aussi vous donnant accès à des conversations loufoques parfois même avec des personnages vus dans les mini-jeux eux-même. Vous avez aussi une catégorie nommée "Doublage" où vous pourrez obtenir les séquences de cinématiques du jeu à doubler vous même. S'ensuit la section vidéo contenant tout simplement les cinématiques du jeu suivi de Wario Kards contenant des cartes à l'effigie des personnages du jeu et comportant aussi des statistiques telles qu'un niveau semblant pouvoir être augmenté, une puissance, un rang, un type entre pierre, feuille et ciseaux et d'autre informations du même genre, à croire qu'il y a un mode où l'on peut utiliser ces cartes que je n'ai pas encore découvert. Peut être dans le mode multijoueur qui sait ? Vous avez aussi la section "Nintendo" contenant différents produits insolites commercialisés par Nintendo tels que R.O.B. ou les cartes de Hanafuda avec chaque fois une planche d'informations sur l'objet en question, très bon pour la culture. Nous avons naturellement une section avec les musiques à la fois du jeu mais aussi d'anciens opus comme les célèbres "Mona Pizza", le thème de Mike, le thème d'Ashley et bien plus encore avec à chaque fois un accès aux paroles pour que vous puissiez chanter en même temps, puis vient la section "Autres" dans laquelle vous trouverez littéralement n'importe quoi. On a par exemple un mode utilisant les amiibo dans lequel Wario tentera un portrait rapide de celui-ci et cela donne parfois lieu à des choses très amusantes. Vous avez aussi une multitude de réveils aux thèmes des personnages du jeu, là où c'est malin c'est que le réveil ne s'éteindra pas avant que vous ayez réussi trois des mini-jeux qu'il vous soumet, de quoi vous réveiller à coup sûr. Il y a également des éléments qui seuls ne font rien mais dont il faudra réunir toutes les pièces pour le construire ou encore des 3DS virtuelles à examiner dans tous les sens, enfin bref, vous aurez compris qu'il y a vraiment n'importe quoi dans cette section.

Finalement le jeu propose également des missions sous forme d'achievements à réaliser dans l'ensemble du logiciel pouvant nous faire remporter quelques pièces pour renflouer notre collection.