Avant de pouvoir vous lancer pleinement dans cette aventure, il vous faudra tout d'abord passer l'éternel test de personnalité permettant de déterminer qui des 20 Pokémon proposés vous incarnerez et lequel vous accompagnera. Une nouveauté est cette fois plutôt plaisante à voir puisque si le jeu vous propose un Pokémon qui ne vous plait pas, vous avez la possibilité de choisir manuellement entre Pikachu, Riolu ainsi que la totalité des starters existants à ce jour. Cette feature permet donc le retour du questionnaire abandonné par le troisième opus tout en évitant aux joueurs de devoir le recommencer en boucle jusqu'à obtention du Pokémon désiré et c'est très bien comme ça !

Une fois tous les préparatifs établis, vous plongez en plein cœur du monde des Pokémon et alors qu'une belle journée démarre dans celui-ci, vous vous réveillez, allongé sur le sol et en fixant votre reflet dans la mare qui se trouvait à vos cotés vous réalisez que non seulement vous n'êtes plus humain mais qu'en plus vous avez été changé en Pokémon ! N'ayant même pas le temps de comprendre ce qu'il vous arrive, voilà qu'un groupe de Pokémon suspects vous approche et se met à votre poursuite, fort heureusement pour vous, vous tombez sur un Pifeuil qui passait par là et qui, comprenant la situation dans laquelle vous êtes, vous prend sous son aile et vous aide à fuir. Après une course poursuite effrénée, vous arrivez au village dont votre nouvel ami est originaire : Bourg Tranquille. La journée ayant été forte en sensations et Pifeuil constatant que vous sembliez un peu perdu, vous propose de passer la nuit chez lui, chose que vous acceptez sans broncher n'ayant nulle part d'autre où aller. Le lendemain arrive, vous ne comprenez toujours pas ce qu'il a bien pu vous arriver mais vous vous sentez en sécurité dans ce village, votre hôte vous propose alors de séjourner chez lui jusqu'à ce que les choses se tassent et décide, au vu de votre apparence infantile, de vous inscrire à l'école Pokémon du coin. C'est alors que vous faites la connaissance de votre future coéquipière, oui coéquipière car il faut savoir que peu importe ce que vous répondrez au test de personnalité, votre compagnon sera obligatoirement une femelle et vous un mâle, choix scénaristique j'imagine. Enfin bref, ce Pokémon vous ayant à peine aperçu vous aborde déjà avec entrain et décide de vous faire visiter le coin. Visite qui prend malheureusement très vite fin puisqu'il semblerait que votre chère voisine étant d'une nature assez impulsive, ait tendance à s'attirer facilement des ennuis parmi les villageois. Vous rentrez donc chez Pifeuil qui vous a entretemps inscrit à l'école dans laquelle vous irez étudier le jour suivant. Voilà donc ce qui constituera la majeure partie du début du jeu, aller à ces cours qui vous servirons quelques fois de tutoriels à de nouveaux éléments de gameplay tels que les Bracelets et les Éphélites, pierres vous accordant divers bonus durant les donjons si insérées sur le Bracelet ou encore les attaques Synchro vous permettant de cumuler les attaques de votre groupe sur un seul ennemi. Vous ferez aussi la connaissance de vos camarades de classe et vous apprendrez surtout à connaitre celle qui vous accompagnera tout au long du jeu.

De fil en aiguille et à mesure que vous vous rapprocherez de votre alliée, vous ferez la rencontre d'un Pokémon qui finira par faire de vous des Apprentis explorateurs et vous fera don de l'objet clé du jeu, celui sans lequel un Explorateur n'est rien, l'Orbe des Liens ! Cet objet inséré dans un Gadget d'Explorateur a pour étrange faculté de vous montrer les Pokémon avec lesquels vous avec tissé des liens ainsi que de voir ces mêmes liens entre eux. C'est également grâce à cet objet on ne peut plus pratique que vous pourrez voir si un Pokémon a des problèmes et si tel est le cas aller l'aider.

Les soucis des Pokémon se présenteront sous forme de quête qu'il faudra accepter dans un premier temps pour ensuite pouvoir l'exécuter en se rendant dans le donjon concerné. Avant de partir il vous faudra tout d'abord constituer une équipe de trois Pokémon et en fonction des quêtes, un quatrième Pokémon pourrait même se joindre à vous en tant qu'invité. Ces quêtes sont assez variées, allant du simple sauvetage à la recherche d'un objet perdu, de l'affrontement d'un Pokémon puissant ou même simplement de l'exploration d'un donjon ces dernières vous permettront à terme de recruter le Pokémon à qui vous avez rendu service et même parfois d'obtenir quelques petites récompenses comme des objets. Il existe différentes manières de recruter un Pokémon, vous pouvez soit simplement les aider en passant par l'Orbe des Liens, certains vous demanderont d'effectuer une livraison sur l'un des 5 Continents qui constituent la carte du jeu, d'autres vous rejoindront après que vous leur ayez parlé pour la première fois et il se pourrait même qu'au cours de l'une de vos explorations dans un donjon vous croisiez la route d'un Pokémon voyageur qui acceptera de se joindre à vous si vous leur parlez. C'est donc un tout nouveau système qui vient remplacer celui des précédents opus où vous pouviez engager des Pokémon que vous affrontiez au hasard dans les donjons.

En faisant les premières heures du jeu, vous pourriez commencer à vous demander si tout le jeu va être comme ça et il serait à ce moment légitime de se dire que ça va être lassant à force sauf qu'il n'en est rien ! En effet le scénario met un peu de temps à véritablement se mettre en route mais une fois passé un certain cap, votre train train quotidien se verra totalement chamboulé. Sans trop vous en dire pour garder la surprise, vous serez amené à rejoindre les Grands Explorateurs, une sorte de guilde qui a pour objectif de visiter chaque continent de ce monde et d'en percer tous les mystères et c'est véritablement là que les choses sérieuses commencent. Quelques nouvelles mécaniques de jeu viennent s'ajouter à tout ce à quoi vous étiez habitués et dés lors c'est comme si le jeu vous offrait une nouvelle vie et vous feriez bien d'y être préparés car celle-ci ne sera pas de tout repos !