Chapitre 1 : Une attaque désastreuse
Après leur aventure contre Tabbou; Mario, Link, Sonic et tous les autres virent l'univers subspatial disparaître entièrement sous leurs yeux. Chacun retrouvait une vie « normale » et tous reprenaient leurs vieilles habitudes. Mario, Luigi, Yoshi, Wario et Bowser étaient repartis au Royaume Champignon. Link et Ganondorf retournèrent en Hyrule tandis que Link Cartoon, l'alter-égo de Link, voguait à nouveau sur les mers. Samus accueillit R.O.B, Meta Knight, Fox, Falco et Wolf sur son vaisseau, les leurs étant tous détruits. Pit parcourait maintenant le monde et rencontrait assez souvent les Ice Climbers sur leurs montagnes. Donkey Kong et Diddy s'installèrent dans une nouvelle forêt avec Kirby et Olimar. Le Dresseur de Pokémon continua son aventure au près de Ness et Lucas, après avoir essayé en vain de capturer Lucario, Pikachu et Rondoudou. Ces derniers ne s'installaient nulle part et voyageaient un peu partout ensemble. Ils leur arrive souvent de se retrouvait sur un des nouveaux terrains de courses de Sonic et Captain Falcon. Le Roi Dadidou accueillit Marth et Ike dans son château. Snake effectuait quelques missions à travers le monde si on lui demandait, voire quelques unes avec Mr.Game&Watch qui était particulièrement doué pour s'infiltrer.
Pendant ce temps, et ce dans le plus grand secret, les deux princesses : Peach et Zelda, organisaient un nouveau tournois de Smash Bros...